Эндометриоз – широко распространенное гинекологическое заболевание, часто ассоциированное с нарушением фертильности, в основе которого лежит, в том числе, нарушение рецептивности эндометрия. Целью данного исследования была системная оценка связи между транскриптомными изменениями при эндометриозе и молекулярными процессами, определяющими рецептивное состояние эндометрия. Для системного, гипотезанезависимого сравнения использовался анализ главных компонент с последующей оценкой их значимости для предсказания рецептивного статуса эндометрия с помощью методов машинного обучения и биологической интерпретацией с помощью анализа обогащения. Анализ дифференциальной экспрессии показал ограниченное сходство состояний на уровне отдельных генов, в то время как системный подход с использованием машинного обучения идентифицировал три главные компоненты как наиболее информативные для предсказания рецептивного статуса. Анализ обогащения показал, что эти компоненты ассоциированы с биологическими процессами, критически важными для имплантации: ремоделированием внеклеточного матрикса, фокальными адгезиями, Wnt-сигналингом, иммунным ответом, а также функционированием цилий. В результате моделирования нами установлено, что данный подход не только подтверждает известные механизмы, связанные с установлением рецептивности эндометрия, но и позволяет обнаружить новые факторы, ассоциированные как с рецептивностью, так и с эндометриозом.